En cette fin d'année 1643, seules les corneilles tournoient sur le village désert de Coulans où, sur les restes calcinés des vieilles bâtisses, quelques planches claquent encore au vent.
Ce n'est pas la guerre qu'ont fuit les habitants qui, après les tentatives de conquêtes françaises, ne savent pas encore qu'une dernière invasion les attend.
L'épouvante dont ils ont été saisis, qui les a poussés à rejoindre la Suisse, la Savoie ou l'Italie est pire encore, c'est la dernière épidémie de peste.
Car les Schweds ont aussi apporté ce fléau lors de leurs déplacements.
À l'automne 1628 de nombreux villages sont abandonnés.
Début 1629, Pontarlier est à l'agonie, les foires, vendanges et tous regroupements sont interdits à Salins et Poligny mais Ornans est touchée au printemps.
En juillet, l'épidémie se répand à Salins (malgré la fermeture des portes), 1200 décès au 8 novembre, 3000 à Noël, jusqu'à 104 testaments s'enregistrent par jour où notaire et témoins se tiennent à bonne distance les uns des autres.
Un voyageur contaminé pénètre une ville et lorsque les premiers symptômes sont diagnostiqués, la moitié de la ville est déjà condamnée.
La panique vide la ville et les campagnes sont donc également infestées.
Besançon perd 1200 âmes en huit mois.
L'ordre d'abattage des chiens, chats et pourceaux est donné.
En 1630, Salins est rempli de pauvres et pour lutter contre la faim et la maladie,
on ne peut qu'autoriser la consommation de fromage pendant le carême !
La vague épidémique de 1635-36 décime en six mois 1500 ornanais sur 2300,
54 maisons sont vidées de leurs habitants déjà emmurés dès les premiers signes.
En 1636, elle atteint les montagnes, les grottes servent de refuges aux villageois,
à la moindre alerte, ils s'y réfugie et en interdisent ensuite l'accès.
L'angoisse devient de ne surtout pas se faire approcher.
Coulans n'a pas d'échappatoire car même ses grottes sont prises en tenailles entre
le chemin du village et celui de la forêt qui doit continuer à fournir Salins en bois.
Partout, on tente de retenir les fuyards en menaçant de confisquer leurs biens.
Poligny est presque vide en septembre, à partir de l'année 1637, Lons-le-Saunier va se déserter pour sept années.
En 1639, elle redouble de fureur et le 3 juillet, 140 maisons sont à nouveau contaminées simultanément à Salins malgré la fermeture de la ville, l'ébouillantage de la monnaie et la vente de sel hors des portes.
Sur les 2500 habitants de Sainte-Anne, 1500 sont fauchés.
Cet hiver 1639, c'est Mathieu Guyon le fossoyeur, qui est désigné d'office (''nettoyeur'' immunisé ou condamné) pour enterrer les victimes des villages
isolés comme Coulans, il faut aussi tester la possibilité d'un retour en y plaçant un ''éprouveur'', (femme ''ancienne'' ou enfant de ''fragile nature'').
Dans certains villages, on utilise les vaux, comme lieu de mise en quarantaine des pestiférés; dans la reculée de Coulans, la Baume-de-Mataflan (caborde de mate-faim) aurait-elle servi de nourricière pour les condamnés, est-ce ici que les vivres étaient déposées au bout d'une corde ?
En 1644, la Comté a enterré 60% de sa population.
Des centaines de villages sont à l'abandon, (sur le seul ressort d'Ornans, neufs sont morts). Il faudra attendre 1730 pour retrouver les effectifs de la population de 1620.
Les salines de Salins sont la dernière industrie à tenir debout, mais il n'y a plus de chevaux ni de chariots pour l'alimenter en bois.
«La postérité ne le croira jamais.»