Du christianisme est né deux tendances locales, les catholiques (du pouvoir de Rome majoritaires notamment à Malans et Coulans) et les protestants, présents à Éternoz et Refranche,(la branche vaudoise d'Esternod est issue de cette époque).
Partie de Montbéliard, la réforme protestante s'étend rapidement en
Franche-Comté contre l'église, ses fastes et ses richesses.
Les catholiques (réels tenant du pouvoir politique et judiciaire) écrasaient les protestants par l'intermédiaire des tribunaux d'exception depuis le premier
martyr franc-comtois de 1523 et l'inquisition de 1542.
Leurs jugements menaient parfois au bûcher, cent soixante procès touchant surtout des ecclésiastiques, marchands, notaires et artisans auront lieu.
«Avant qu'on lui tranche la tête, on lui percera la langue» disent fréquemment
les conseillers de la cour du parlement comtois pourtant plus clément que Rome.
À partir de 1572, elle tente une implantation dans la vallée de la Loue, des foyers réformateurs apparaissent à Ornans et Salins et tentent d'abolir la messe.
Roussel ( le lieutenant du bailliage à Ornans) est pris avec un Pantagruel de Rabelais, Gaudy ( le maître d'école de Vuillafans ) avec des livres d'Erasme.
Dénoncer un protestant est obligatoire, ils colportent les villages bible en main .
Ces livres sont prohibés, car ils sont traduits en français.
Pieds lestés, suspendu à une corde passée dans une poulie, le temps de réciter un Pater ou un Ave et l'accusé a déjà avoué.
Les cadavres des victimes sont mis en quatre quartiers qu'on expose aux entrées principales des villes, surmontés d'un écriteau de fer-blanc portant :
''Transgresseurs des édits de l'empereur concernant notre sainte foi.''
L'édit de Nantes d'Henry IV (1598) imposa aux catholiques la tolérance
envers les protestants, mais en 1658 les bourgeois d'Ornans payent le voyage à l'inquisiteur de la foi et son ''enquête'' débouche sur des procès.
Le parlement de Franche-Comté les stop et libère les prisonniers à temps.
Suite à la conquête de la Franche-Comté par Louis XIV (le roi soleil en 1678) et la révocation de l'édit qui suivit, il est de nouveau permis aux catholiques de
reprendre la chasse aux protestants...
Ceux d'Éternoz et Refranche sont accusés d'être des ''hérétiques'',
(défendant des opinions contraires aux enseignements de la ''sainte'' bible).
Ces nombreux Francs-Comtois se réfugient donc en Suisse, ils fuient la Comté terrorisés par la barbarie des tribunaux.
Notons que la ville de Genève triple en population durant la décennie 1680-1690
et accueille à elle seule 20000 de ces ''Huguenots''.

Juste au dessus du village, isolé de tout, un oratoire d'une simplicité magnifique reste le dernier témoin d'un ermitage ici disparu.
L'ermitage de Saint-Loup portait le nom du patron de sa chapelle.
Il est situé près d'une grange agricole dont l'origine est plus ancienne encore,
elle en a conservé son nom.
Ces granges isolées sont pour certaines des anciennes exploitations agricoles gallo-romaines, celle-ci est probablement repartie en 1260 conjointement au château de Montmahoux.
Par contre, l'origine de l'ermitage religieux disparu nous est inconnue,
mais l'engagement dans la solitude et la miséricorde est un fait caractéristique des premiers chrétiens.
Des abbayes et autres lieux cultuels ont pour origine primitive l'implantation dans ces lieux d'un ermite.
A l'image du Christ, nombre de croyants ont consacrés leur vie à lutter pour les hommes et contre leur pauvreté, dédaignant ainsi les richesses matérielles.
Le problème de concordance entre sa vie et ses convictions se pose même chez le riche : Mahaut d'Artois, souveraine au début du 13ième, lavait les pieds de 13 pauvres chaque Jeudi Saint.
De plus, à une époque où le vagabondage est puni par l'envoi aux galères,
où beaucoup d'anciens soldats et criminels divers et variés cherchent l'oubli et l'expiation, l'ermitage est des plus utile...
C'est dans ce lieu désert que se sont succédé des hommes engagés dans un ordre religieux particulier, faisant partie de ce que l'on appelle : les ordres mendiants.
C'est ici qu'ils ont construit une modeste bâtisse, pour se consacrer à la prière et la pénitence et donner vie à la Congrégation des ermites de Saint-Jean-Baptiste.
L'ermitage de Saint Loup est signalé dans des écrits du 16 ième siècle, c'est un des plus anciens de cette congrégation en Franche-Comté.
Le logement était composé d'une cuisine, d'un poêle et d'une chambre.
La remise, l'écurie et la grange étaient attenantes à une sacristie et une chapelle.
Les frères étaient barbus, chaussés, vêtus tout de gros drap de laine noire formant une longue robe recouverte sur les épaules par une mosette reliée à leurs petits capuchons pointus reconnaissables de loin.
Ils se levaient à 4 heures, ponctuaient leurs journées de récitations, prières, messes, oraisons mentales, lectures et travaux de la terre.
Ils ne mangeaient pas de viande le mercredi et jeûnaient le vendredi.
Il ont interdiction de travailler avec le clergé séculier, de paraître dans les foires, de se déplacer hors des limites fixées.
Les enfants pauvres de Coulans ont eu la chance que ces missionnaires atterrissent un jour tout près du village car ces religieux ont une vocation particulière : l'enseignement des enfants pauvres.
On ne peut comprendre l'histoire mouvementé du village et le niveau d'engagement politique de ses habitants sans réaliser ce fait.
Même l'enfant le plus déshérité de Coulans a pu apprendre à lire, écrire, chiffrer et dessiner grâce à eux.
Cette fonction justifie les quêtes et permet aux ermites de survivre, ils promenaient leur panier que l'on appelait la sporte.
Quelques cultures, des quêtes aux villages et des métiers saisonniers permettaient aux frères une vie très humble, proche des pauvres mais digne de leur engagement.
Le jour de feste Sainte-Foid, les coulanais s'y rendaient en pèlerinage et remerciaient généreusement les frères par l'achat de chandelles et offrandes pour l'immense service rendu.
Ce qui énervait particulièrement le curé de Malans (paroisse dont dépendait l'ermitage) qui perdait ainsi régulièrement une partie de ses revenus.
Dès 1611, il fallut faire intervenir la noblesse de Montmahoux (propriétaire) pour calmer les conflits entre curés et frères.
Le seigneur de Montmahoux y tient le pouvoir d'y instituer l'ermite chapelain.
En 1629, un des grands seigneur locaux, Ferdinand de Rye est chargé par le Parlement de faire en sorte que toute les paroisses se choisissent un instituteur.
L'ermitage répond localement à ce besoin.
Au lendemain du désastre de la guerre des dix ans en 1648, sur les 25 ermitages visités par le vicaire général, un seul n'est pas indépendant : Saint loup de Malans, « où sont des ermites de Saint-Jean-Baptiste, vivant en commun, malgré le rescrit du Parlement ».
La petite congrégation de Saint Loup a déjà reçu l'approbation des évêques de Metz, du Puy et de Chambéry pour sa défense!
Le parlement interdit tout établissement d'ermitage qui ne soit pas le fait de l'autorité diocésaine officiellement en 1654, car la guerre a produit de nombreux criminels qui s'y réfugient.
Les ermitages adoptent, comme méthode d'enseignement pour leurs petites écoles, le manuel de L'Escole paroissiale.
L'apprentissage de la prononciation des syllabes se fait grâce aux prières en latin:
A-ve, Pa-ter, Cre-do, Con-fi-te-or...
Les enfants parlaient patois mais le règlement implique qu'ils ne soient mis en lecture du français sans être bien versés en celle du latin.
Les enfants apprenaient à lire avec les vieux registres, chartes, droits de propriétés, ce qui explique que les parents tenaient et comptaient sur nos ermites.
A Saint loup, un ermite particulièrement courageux réinvestit l'ermitage dans ces temps de pénible reconstruction.
On recense en 1657 : Frère Henry, ermite à l'ermitage dédié à Mr Sainct-Loup et Madame Sainte-Foy; «Lequel tient 10 ou 12 escholiers des lieux circonvoisins».
L'ermitage est donc une petite école doublée de catéchisme qui pouvait prendre en pension les enfants les plus pauvres ou trop éloignés.
Dix parts de sel sont inscrites sur le rôle d'imposition de l'école cette année là.
Il faut, pour postuler à la congrégation à partir de 1665, répondre à cinq questions : es-tu repris de justice, milicien déserteur, chargé de dettes, marié ou atteint de maladie contagieuse ?
A partir de 1666, il est permis aux ermites de cohabiter à deux à Saint Loup et sont officiellement reconnus par l'autorité de l'église, l'un des deux est le supérieur.
En 1739, c'est le visiteur de l'archevêque du diocèse qui garde un double des clefs du coffre pour stopper les procès qu'engendrent le revenu des quêtes.
Les ermites vont être encadrés plus strictement, les quêtes dont le revenu n'est pas négligeable, seront fixées en limite et réduites à deux par an.
Seules les visites du curé ou d'un religieux sont désormais permises.
Un personnage va prendre en main la structure des ermitages de mendiants-enseignants et de fait, Saint loup va prendre toute sa dimension régionale.
Il s'agit de Jean-Baptiste de la Salle qui s'attaque à la misère en sapant l'une de ses bases, l'ignorance des pauvres.
La pédagogie est son domaine, il applique ses connaissances à l'éducation des enfants en fondant la congrégation des frères des écoles chrétiennes,
(malgré l'opposition de la hiérarchie de l'église qui ne voit pas d'un bon œil l'entrée de laïcs dans ses institutions).
Sa congrégation forme dans un premier temps des frères-instituteurs à la spiritualité et la pédagogie, le candidat s'engage totalement et fera son noviciat pendant la première année.
Son enseignement en groupe et par niveau devançait les réformes les plus progressistes de l'époque.
C'est donc assez naturellement que l'ermitage évolue vers 1741 grâce aux frères de la congrégation de Saint-Jean-Baptiste en lieu de noviciat et d'enseignement.
Des dizaines d'hommes ont décidé ici de prendre cet habit religieux car notre petit ermitage est devenu en réalité l'établissement principal de tout un réseau régional de lieux d'éducation, un point de rassemblement de recteurs d'écoles gratuites.
La petite école ne survivra pas à la révolution, le décret du 23 avril 1793 oblige les frères laïcs ou convers à prêter serment comme les officiels de l'église.
Le refus prévisible de nos ermites les pousse à rejoindre les réfractaires.
Le 4 septembre 1791, le pauvre curé assermenté se fait jeter du village, il dénoncera au district : « Une troupe de petits pensionnaires venus sous la conduite d'un ermite de Saint-Loup (Montrichard de Malans) entendre la messe de l'Abbé Simon ».
Le 15 juillet 1792, la nouvelle municipalité de Malans ordonne la fermeture de l'ermitage et le renvoi des élèves.
Les révolutionnaires locaux n'ont rien oubliés des vieux procès et savent que l'ermitage n'est pas si pauvre...
Pressés de récupérer les biens, ils devancent d'un mois l'assemblée législative qui abolit toute les congrégations enseignantes le 18 août.
La journée terrible fut celle du 21 septembre...
Prévenus par les coulanais, les deux ermites en poste se tiennent devant l'établissement et attendent, l'air grave, les officiers du district de Quingey.
Ces derniers signifient à frère François et frère Pacôme d'évacuer l'ermitage dans les dix jours.
Puis ils procèdent à l'inventaire de force des nouveaux biens de la nation.
Il en faudra des pages pour énumérer les marmites, crémaillère, couteau à choux, mesures de gaude, huile, gâteau de miel, ferment, farinier, quartier de lard, viande salée, bancs, foin, 60 gerbes de blé, orge, maïs, soue à cochon (absent...), chèvre, 17 arbres fruitiers...
« Et les bœufs que l'on a vu dans l'enclos », vitupère le maire Loigerot.
« Ils appartiennent à la famille Montrichard »,(ex-seigneurs de Nans), répondent les frères...
Cet ermitage devient une simple exploitation agricole lors de sa vente en bien national par l'administration révolutionnaire de 1793 pour clore notamment son engagement auprès de l'abbé Simon et le mouvement des prêtres réfractaires très organisé localement.
Il faut dire que de fait et à ce moment là, à Coulans, on en était plus à apprendre à lire, écrire ou compter, mais à faire de faux papiers !
Frère Pacôme, dépité de voir disparaître d'un dernier trait de plume, des siècles d'efforts éducatifs ira habiter une autre grange isolée, proche de Reugney, qui s'appelle également aujourd'hui, l'ermitage...
Quand à son collègue frère François, de son vrai nom Pierre-François Montrichard,
il est soupçonné de cacher les richesses de sa famille...
Transféré à la prison de Dijon en octobre 1793 avec des religieux comtois,
il n'a jamais pu faire comprendre aux nouvelles autorités que le décret pour les laïcs et convers ne le concernait pas puisqu'il était : ermite !
Mais c'était trop leur demander...